Der Moorbärlapp ist als Bewohner saurer, nährstoffarmer und nasser Standorte eine Charakterart der Moore und Feuchtheiden. Er benötigt offene Bodenstellen ohne Pflanzenwuchs, da seine Sprosse direkt auf der Erde entlangführen. Da seine Sporen jahrzehntelang keimfähig im Boden liegen können, tritt er im der Umgebung früherer Vorkommen häufig am Ufer frisch angelegter oder abgeschobener Gewässer auf.

Eine effektive Hilfsmaßnahme für den Moorbärlapp besteht darin, an den aktuellen Standorten von Zeit zu Zeit auf Teilflächen den Oberboden flach abzuschieben, um neue Keimbetten zu schaffen. An bekannten sowie wahrscheinlichen früheren Wuchsorten der Pflanze (z.B. am Ort früherer Heideweiher) sollte versuchsweise ein Freilegen des im Boden liegenden alten Samenhorizontes erfolgen, sofern die Bodenfeuchte durch Entwässerungsmaßnahmen noch nicht zu stark herabgesetzt ist.

Der Moorbärlapp ist in der Roten Liste NRW landesweit als "stark gefährdet", für die Westfälische Bucht als "gefährdet" eingestuft. Im Kreis Gütersloh ist die Art angesichts der sehr wenigen, stark verstreut liegenden Vorkommen bereits als vom Aussterben bedroht einzustufen. Durch die nahezu vollständige Zerstörung der Moore und Feuchtheiden ist auch der Lebensraum des Moorbärlapps fast überall verlorengegangen. Eine aktuelle Gefährdung der verbliebenen Restvorkommen besteht im Zuwachsen vegetationsarmer Stellen, auf die der Bärlapp aufgrund seines niedrigen Wuchses unbedingt angewiesen ist.