Der Neuntöter bewohnt halboffene, durch Hecken, Gebüschgruppen und Einzelbäume strukturierte Landschaften. Auch Waldränder mit gut ausgebildetem Saumbereich und angrenzenden geeigneten Nahrungsflächen sowie Obstbaumbestände können als Lebensraum für den Neuntöter in Frage kommen. Bevorzugt werden dabei „wärmegetönte“ Bereiche wie z.B. südexponierte Hänge oder geschützte Tallagen. Da die Nahrung größtenteils aus mittelgroßen bis großen Insekten (Käfer, Schmetterlinge, Heuschrecken, Hautflügler) besteht, werden insektenreiche Flächen für die Nahrungssuche benötigt. Optimal in dieser Hinsicht sind extensiv genutzte Grünlandbereiche, wobei diese sowohl feuchte Wiesen bzw. Weiden als auch Trockenrasen sein können. Das Vorkommen dorniger Sträucher in Hecken und Gebüschen ist ein typisches Element in Neuntöter-Revieren. Das Nest wird in dichter Vegetation in Hecken und Gebüschen, aber auch in Bäumen angelegt.

Neben dem Erhalt und der Pflege der bestehenden Hecken in Gebieten mit geeignetem Umfeld können auch Neupflanzungen von Hecken mit heimischen Gehölzarten (besonders dornentragende Sträucher) für eine mögliche Ansiedlung des Neuntöters von Bedeutung sein. Speziell die Förderung artenreicher Waldsäume und die Entfernung von Fichtenkulturen z.B. an den Hanglagen des Teutoburger Waldes ist nicht nur im Blick auf den Neuntöter ökologisch sinnvoll. In Bezug auf das Nahrungsangebot sollte der Schutz und die Förderung artenreicher Feldfluren mit Brachestreifen und –flächen, ungedüngten Wiesen und strukturreichen Hecken im Mittelpunkt stehen. Gerade über die Förderung der Extensivierung von Wiesen und Weiden kann lokal das Nahrungsangebot erhöht werden.

In NRW wurde der Neuntöter aus der Rote Liste Kategorie 3 („gefährdet“) in die Vorwarnliste zurückgestuft, doch in der Westfälischen Bucht wird er weiterhin als „stark gefährdet“ (Kategorie 2) geführt. Er gilt als „besonders geschützt“ und steht in Anh. I der Vogelschutz-Richtlinie.
Als Hauptgefährdungsursache ist bei uns der Verlust an geeigneten Lebensräumen anzusehen. Durch die Flurbereinigung sind in den letzten Jahrzehnten viele Hecken, Gebüschzonen und Saumbiotope verschwunden und die Größe der bewirtschafteten Flächen sowie die Intensität der Bearbeitung hat zugenommen. Der Umbruch von Grünland und letzter Heidereste ist ebenfalls unter diesem Punkt zu erwähnen. Durch die Aufgabe der Pflege von Hecken verlieren diese in der Regel an Attraktivität für den Neuntöter. Die Intensivierung der Landnutzung hat auch zu einem Rückgang des Nahrungsangebotes, vor allem an Großinsekten (Schmetterlinge, Käfer, Heuschrecken) geführt. Hierin ist ein weiterer negativer Faktor zu sehen.